Un'antica tradizione, sulla cui attendibilità gli studiosi non sono concordi, vuole che la chiesa sia stata edificata sulle rovine di un tempio pagano dedicato ad Ercole, il cui culto ad Agira nell'antichità era molto diffuso.

Quasi certo è, invece, che in questo luogo in epoca bizantina sarebbe sorta una chiesa dedicata a S. Sofia, con la cappella dedicata a S. Sebastiano.  La ricostruzione della chiesa,  risale al 1215, al tempo di Federico II, venne dedicata a San Sebastiano. In seguito, però, in segno di riconoscenza verso la regina Margherita, moglie di Martino II, che aveva elargito una cospicua somma per il suo restauro, essa venne dedicata a Santa Margherita. L'aspetto attuale è quello conseguente ai lavori di restauro eseguiti dopo i gravi danni provocati dal terremoto dell' 11 gennaio 1693. Nel 1697 fu ultimata 1'attuale copertura a volte, nel 1721 il campanile, e nel 1766, su progetto dell'architetto Giovanni Battista Vaccarini, furono completati il transetto e le   absidi.

La cupola, rimasta purtroppo incompleta, venne progettata nel 1799 da Stefano Ittar. È la chiesa più grande di tutta la diocesi di Nicosia.  La pianta, a croce latina, è divisa in tre navate da due ordini di colonne. con capitelli in stile corinzio. La navata centrale e il presbiterio sono lunghi complessivamente 73 metri, mentre le due navate laterali, fino al transetto, misurano 30 metri. La volta della navata centrale è alta 29 metri e la cupola 45. Il maestoso prospetto neoclassico fu realizzato alla fine del XIX secolo. Tra le opere di maggior valore artistico si segnalano: L'altare maggiore, del XVII secolo, molto bello, tutto rivestito da miniature in oro su vetro. L'altare del Sacramento: le sei colonnine  reggenti la cupola del tempietto sono in marmo di Sicilia, la croce della mensa di agata e il resto in granito d'Egitto. L'altare dell'Immacolata con la bellissima statua del napoletano Giuseppe Picano, sicuramente una delle opere più belle che si possono ammirare in questa chiesa. Commissionata alla fine del 1784 e completata nel 1787, la statua fu consegnata ad Agira quattro anni dopo, in quando la Commissione Reale per le belle arti di Napoli aveva deciso che la statua era un capolavoro e non volevano autorizzarne la spedizione; l'intervento del re Ferdinando I risolse la situazione autorizzando la spedizione e provvedendo a saldare il conto. E' conservata in una monumentale edicola di legno, opera di Ignazio Leone (1810). Notevoli alcuni quadri del seicento, tra i quali la Misericordia di scuola siciliana della metà del secolo, S. Maria Maddalena di scuola veneziana e l'Addolorata e i quattro Evangelisti di Ovidio Sozzi. Interessanti il Coro ligneo in stile rinascimentale di Giovan Battista Li Volsi e del figlio Stefano e il pulpito, molto bello, in legno intagliato, con le statue dei Santi Protettori delle Parrocchie di Agira, realizzato nei primi del novecento. Di pregevole fattura, infine, il bel portale settecentesco di gusto barocco attraverso il quale si accede alla sacrestia, dove si possono ammirare gli splendidi armadi artisticamente scolpiti da Paolo Guglielmazzi di Enna nella seconda metà del XVIII secolo. Bello il pulpito in legno intagliato con le statue dei protettori delle parrocchie di Agira e sul pannello centrale quella di S. Filippo. In questa chiesa ogni anno si celebrano con particolare solennità le ricorrenze del Corpus Domini, dell'Immacolata Concezione e di Santa Lucia.

La chiesa ha subito vari rifacimenti, nel corso dei secoli. La pianta è a due navate, divise da quattro archi sostenuti da quattro colonne con capitelli romanici. Nella cappellina di sinistra è una croce di legno dipinta del XV secolo. La croce è dipinta sulle due facce: sulla faccia principale è il Crocifisso; sul retro è Cristo Risorto in tutta la sua gloria, mentre nei capicroce sono i simboli dei quattro Evangelisti. In fondo alla navata di destra è l'altare della Madonna. L'iscrizione in alto informa sulla data, 1513, e sul nome del maestro Bartholomeus de Maniscalco, che si sarà servito di elementi più antichi: i leoni e le colonnine appartengono ad un'opera del XII secolo. La bella statua della Madonna col Bambino, anch'essa cinquecentesca, è stata dipinta nel secolo scorso. Nella navata di destra è una statua di legno policroma di S. Bartolomeo; la statua è citata per la prima volta in un inventario del 1685, ma il culto di S. Bartolomeo in questa chiesa è documentato già nel 1589.

Le prime strutture risalgono all'epoca normanna (sec.XII). Nel 1689 fu elevata al rango di collegiata dal vescovo della diocesi di Catania, alla cui giurisdizione apparteneva allora la chiesa di Agira.

La caratteristica facciata è stata costruita nel XVII secolo e risente di influenze tardo rinascimentali e barocche. L'interessante e bel campanile presenta anch'esso testimonianze delle diverse epoche in cui fu costruito: la parte bassa, infatti, è di chiara fattura normanna, mentre la sommità mostra evidenti segni del gusto secentesco. L'interno appartiene all'impianto originario del XII secolo, a pianta quasi quadrata, è suddiviso in tre navate da una serie di archi a sesto ribassato che poggiano su colonne cilindriche sormontate da bellissimi capitelli d'ispirazione romanica, tutti diversi uno dall'altro. La cappella di sinistra è l'altare di S. Filippo Diacono, con un portale con ricchi bassorilievi del XVII secolo; a  sinistra, un cancello di ferro della stessa epoca. Molto bello il tetto in legno a capriate. L'altare della navata sinistra, dedicato a San Filippo Diacono, presenta un bei cornicione in pietra dura finemente decorato con interessanti bassorilievi del XVII secolo. Un cancello in ferro battuto della stessa epoca protegge la cassa contenente le reliquie di San Filippo Diacono e di altri santi vissuti ad Agira, e alcune reliquie, anticamente molto venerate, che la fede popolare riteneva direttamente collegate alla Passione di Gesù, come, ad esempio, una pietra del Santo Sepolcro, un po' di terra dell'orto di Getsèmani, un pezzo di legno della Santa Croce. Nella parete di sinistra, in fondo alla chiesa, è stato recentemente ricomposto un Aron aragonese, con ricca decorazione a motivi floreali, che inquadrava l'altare del vicino oratorio di S. Croce, gia sinagoga. Nella cappella di destra si può ammirare un buon quadro di un ignoto pittore siciliano del XVIII secolo raffigurante la Madonna del Rosario con San Domenico e Santa Caterina. Questa chiesa conserva alcuni arredi sacri di grande valore storico e artistico. Custodisce anche un dipinto in legno, probabilmente l'unica tavola arrivata fino a noi di un antico polittico del secolo XV, in cui è raffigurato. come in quasi tutta l'iconografia che lo riguarda. San Filippo che calpesta il demonio, rappresentato da un drago incatenato protegge la cassa con reliquie e cimeli.Qui sono conservati la mitra e il pastorale che la tradizione attribuisce a S. Luca Casali ( abate del monastero di Agira nel IX sec.).

Il Santuario San Filippo di Agira si trova su un antico cenobio dei frati basiliani. Nella cosiddetta “cateva”, la grotta, nel 1599 vennero rinvenute le ossa di San Filippo.

I resti vennero ritrovati sotto il livello della chiesa in una zona che si presuppone l’antica dimora del santo e dei suoi discepoli. La chiesa venne costruita nella zona in cui sorgeva il tempio  di Gerione-Ercole.

All’interno del santuario le strutture subito riconoscibili sono quelle del secolo XIV, quelle cioè ricollocabili alla riedificazione della chiesa. All’interno la struttura si svilupppa a tre navate e decorato in stile barocco. La facciata è invece del 1928 anno in cui subì nuovi inteventi a causa di cedimenti alla struttura preesistente.